अपनी जांच में सुरक्षा एजेंसियों को पता चला कि ज़ाकिर नाइक धर्म परिवर्तन करवाकर लोगों को जिहादी बना रहा था.
युवा ना सिर्फ ज़ाकिर नाइक के कट्टर भाषणों को सुनकर आतंकवादी बन रहे थे, बल्कि एक तरह से उसकी संस्था IRF, जेहादी विचारधारा फैलाने वाली फैक्ट्री बन गई थी. इसके अलावा ये भी पाया गया कि ज़ाकिर नाइक अपने भाषणों में कई आतंकवादियों की तारीफ करता था और ये भी कहता था कि हर एक मुस्लिम को आतंकवादी बनना चाहिए.
-इसके अलावा ज़ाकिर नाइक हिंदुओं, हिंदू देवी देवताओं और दूसरे धर्मों के खिलाफ अपमानजनक टिप्पणियां करता था.
-भारत में गिरफ्तार किए गये बहुत से आतंकवादियों ने भी ये बताया कि वो ज़ाकिर नाइक के नफरत भरे प्रवचनों से प्रभावित होकर आतंकवादी बने.
-ज़ाकिर नाइक एक तरह से आतंकी संगठन आईएसआईएस के लिए भारत में रोज़गार केन्द्र चला रहा था.
-जांच एजेंसियों को ये भी पता चला है कि केरल से 24 जेहादियों का एक समूह अफगानिस्तान गया था, जहां वो आईएसआईएस के खुरासान मॉड्यूल में शामिल हो गए.
-इनमें से कई जेहादियों का धर्म परिवर्तन ज़ाकिर नाइक की संस्था आईआरएफ ने किया था. ज़ाकिर नाइक की संस्था ने इन युवाओं का धर्म परिवर्तन करने के साथ-साथ उनका ब्रेन वाश भी किया था. ताकि वो आईएसआईएस में शामिल हो सकें.
-जांच में ये भी खुलासा हुआ कि ज़ाकिर नाइक की संस्था लोगों का धर्म परिवर्तन करवाने से पहले उनसे एक हलफनामा पर हस्ताक्षर भी करवाती थी, ताकि वो कानूनी कार्रवाई से बच सकें.
-ज़ाकिर नाइक की संस्था ने लोगों का धर्म परिवर्तन करवाने के लिए बाकायदा बजट भी तय किया हुआ था.
-ज़ाकिर नाइक के सहयोगी आरशी कुरैशी को केरल पुलिस ने गिरफ़्तार किया था, केरल पुलिस के मुताबिक उसने 19 लोगों का धर्म परिवर्तन करवाया था. और इन 19 लोगों में से कुछ आईएसआईएस में शामिल होने के लिए अफगानिस्तान चले गये थे. ये भी पता चला है कि 2012 से 2016 के बीच आईआरएफ ने करीब 43 लाख रुपये आरशी कुरैशी को दिए थे.